第1話　伝説の美剣士−愛ゆえに闘う男
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第2話　ガキ侍スッた！モンだ！で門下生
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第3話　哀しみの剣士・過去を斬る男
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第4話　悪の一文字・ケンカ屋左之助登場！
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第5話　逆刃刀対斬馬刀・闘いの果てに！
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第6話　闇からの訪問者・黒笠現る！
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第7話　月下の死闘・愛する人を守れ！
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第8話　新たなる戦い！飛び込んできた謎の美女
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第9話　最強の忍び軍団・恐怖の御庭番衆！
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第10話　蒼紫・美しすぎるほど怖い奴！
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第11話　さらば最強の男たち！光と闇の激突
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第12話　少年剣士誕生！一番弟子　弥彦の戦い
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第13話　めざせ横綱！虎丸のどすこい奮戦記
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第14話　小さな命を救え！美人女医・恵の挑戦
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第15話　炎の暗殺集団、神風隊走る！
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第16話　勇気ある誓い！燃えよ秘剣・紫電の太刀
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第17話　夢に向かって飛べ！砲弾娘マリモの冒険
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第18話　走れ！弥彦・逆刃刀を取り返せ！
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第19話　雷十太の野望・禁じられた王国の幻想
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第20話　真古流の復活！嵐を呼ぶ究極の殺人剣
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第21話　悪夢の崩壊！雷十太の野望・完結編
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第22話　初乗り！暴走陸蒸気びっくり大事件
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第23話　左之助の裏切り!?運命の再会
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第24話　真夜中の戦い！左之助対剣心ふたたび
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第25話　真紅の海賊・引き裂かれた剣心と薫！
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第26話　稲妻の化身！誇り高き謎の女海賊、朱羅
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第27話　燃え上がる戦慄の島！真紅の海賊・完結編
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第28話　新たなる血戦への序曲・迫り来る狼の影！

第29話　史上最強の宿敵！襲いかかる非情の牙

第30話　復讐の悪鬼・志々雄真実の謀略
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第31話　届かぬ想い…　剣心の旅立ち！
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第32話　涙を勇気にかえて！神谷薫が選んだ道
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第33話　最強の称号を掴むまで！蒼紫の新たなる闘い
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第34話　追いはぎ少女・巻町操の隠された正体！
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第35話　奪われた村・襲いかかる志々雄の魔の手！
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第36話　幕末の時を超えて！対峙した志々雄と剣心
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第37話　衝撃！折れた逆刃刀・天剣の宗次郎対剣心
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第38話　左之助、極意の修行！破戒僧・安慈への挑戦
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第39話　逆刃刀を作った男・新井赤空　最後の一振り！
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第40話　恐るべき無情の刺客！十本刀・張との死闘
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第41話　飛天御剣流の奥義！師匠比古清十郎との再会
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第42話　同盟成立・蒼紫が志々雄と手を組んだ日!
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第43話　生と死の間で！奥義・天飛龍閃の会得
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第44話　怒涛の決戦・最強集団十本刀集結！
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第45話　翔ぶが如く！戦艦煉獄出航を阻止せよ
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第46話　煉獄炎上！志々雄真実の命運
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第47話　激突！二重の極み・唸る左之助の拳
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第48話　救世への再生・安慈の新たなる出発
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第49話　心眼をとらえた狼・炸裂する牙突零式！
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第50話　約束を果たす時・蒼紫と剣心の再戦！
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第51話　目醒める時は今・満身創痍の決着！
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第52話　奇跡を呼び起こせ！葵屋の攻防
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第53話　巨人対超人・絶望の淵に放たれた一矢！
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第54話　飛天対縮地！宗次郎　天賦の能力
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第55話　嵐の夜の惨劇・宗次郎の過去
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第56話　極限の勝負！瞬天殺対天翔龍閃
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第57話　幕末を駆けた二人・志々雄対剣心　最終戦!
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第58話　時代は志々雄を選ぶのか？剣心最大の危機！
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第59話　命運尽きず！闘志、今よみがえる
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第60話　勝利を許されし者・志々雄対剣心　終幕！
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第61話　残された十本刀・生きてゆくための選択
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第62話　京都…刻まれた記憶・想いを馳せた出発
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第63話　願い蛍の伝説・ある剣客を待ち続けた少女
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第64話　弥彦王子誕生？華麗なる社交界でびゅー
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第65話　消えたお宝を探せ！名探偵犬・ノ太郎
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第66話　薫　感激　剣心のぷろぽーず!?
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第67話　煌めく伝説の剣！神秘の剣士・天草翔伍
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第68話　運命のメダリオ・左之助と小夜の出会い
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第69話　対戦の地、島原へ！雌雄を決する時
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第70話　雷龍閃の衝撃！闇に葬られた剣心
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第71話　傀王の陰謀・罠にかかった翔伍！
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第72話　追憶の日々・翔伍と小夜の哀しき過去
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第73話　あざ笑う悪鬼！庄三、爆炎に散った火龍
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第74話　左之助の涙・二人に訪れた永遠の別離
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第75話　最後の聖戦・激突！ふたつの天翔龍閃
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第76話　旅立ちの海・希望は哀しみの波を越えて
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第77話　下関に緋村道場？もう一人の抜刀斎現る
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第78話　画学生の想う女性・箱根湯の街恋騒動！
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第79話　勝海舟と剣心・幕末を生きた二人の宿縁
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第80話　終わらない幕末・海舟に課せられた天命
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第81話　紅葵の策謀・海舟を狙う幕末の生霊！
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第82話　勝海舟の決意・時代を超えた真実
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第83話　由太郎帰国・影に潜む黒騎士団の野望
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第84話　真田忍者群と霊薬・お頭御沙薙の狙い
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第85話　迷走の旅・仕組まれた御神渡りの罠！
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第86話　地底を舞う赤い陽炎・殺鬼！真田三人衆
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第87話　シュナイダーの賭け・黒騎士団の崩壊！
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第88話　ふたつの道標・弥彦と由太郎永遠の約束
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第89話　まいえんじぇる操へ…京都からの迎え
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第90話　風水の奇襲！張り巡らされた五茫星の謎
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第91話　うごめく風水の魔力・狙われた神谷道場！
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第92話　戒厳令の東京府！ばく進する凶器の龍脈
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第93話　敵は戦場ヶ原にあり！翡翠の紋章を求めて
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第94話　風と水の挽歌・今ここに死力尽くす！
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第95話　流浪の最果て・緋と瑠璃の絆は潮騒の中に
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