OVA版R.O.Dから5年後の設定。大英図書館を擁する英国は、読仙社を擁する中国と世界の覇権をめぐって激しい対立を続けていたが、後ろ盾であったジェントルメンの死によって英国は危機に瀕する。さらに、大英図書館炎上事件によってジェントルメン復活計画も頓挫し、英国の威信は地に堕ちた。現在では、英国は国連・EUから追放され、ジョーカーが読仙社に取り入ることでかろうじて内政自治権を認められているに過ぎない。大英図書館特殊工作部は、ジェントルメンの復活によって、英国の栄光を取り戻すことを悲願にしている。

女流作家菫川ねねね（すみれがわ・ねねね）は、13歳の頃から小説を発表し注目されていたが、大切な人が行方不明になってから作家活動をやめてしまう。日本ではほとんど忘れ去られたねねねは、香港で自分の作品の映画化を提案した出版社の協力で香港に向かい、そこで紙を自在に操る主人公「三姉妹探偵社」の長女ミシェール、次女マギー、三女アニタと出会う。ねねね担当の編集者、リー・リンホーは三姉妹の能力を見込んでねねねの身辺警護を依頼する。

ねねねは熱狂的なファンなどによる暴力事件にさらされることが多かったのが理由だが、それ以上に三姉妹との刺激的な日々がねねねの創作意欲に火をつけるであろうことをリーは見越していた。リーの読みはあたり、ねねねは三姉妹との触れ合いの中で執筆意欲を取り戻す。それと同時に三姉妹の役目は終わり、映画の完成を記念してねねねが香港に渡ると、それに同行して香港に帰国する。

しかし香港でねねねは読仙社に拉致されてしまい、三姉妹はねねね奪還のために読仙社のビルに侵入し読仙社の紙使いと死闘を繰り広げる。そのころ、同じビルでは大英図書館特殊工作部のジョーカーとウェンディが騒ぎをよそに悠々と秘密資料を持ち出していた。彼らはやがて日本に姿を現し、読子・リードマンの潜伏先を突き止める。そのころ、香港を脱出したねねねと三姉妹もひょんなことから読子の潜伏先を知り、読子に会いに行き行動を共にするようになる。そしてねねねと三姉妹は読子の口から大英図書館特殊工作部がたくらむ恐るべき陰謀を聞かされ、大英図書館特殊工作部に立ち向かっていく。
（wikipediaより）