1999年7月、後にマクロスと名づけられる監察軍の宇宙戦艦が地球へ落下した。オーバーテクノロジーの奪い合いに端を発する争いは、やがて統合戦争と呼ばれる世界大戦に発展する。2008年、統合軍パイロット工藤シンは出撃後、反統合軍の新型可変戦闘機SV-51に撃墜され、今なお伝説が生きるマヤン島に流れ着く。そこで彼が会ったのは島の巫女サラ・ノームだった。一方、統合軍はASS-1(Ailien Space Ship-1)以外に、同様のエイリアン反応を示す物体がマヤン島付近の海底に沈んでいることを発見、回収のために新型可変戦闘機VF-0を搭載した空母飛鳥を派遣する。マヤン島を舞台に戦争が始まった時、伝説に謡われた「鳥の人」が目覚めて「滅びの歌」を唄うとき、世界は破滅の淵を覗うことになる。
（wikipediaより）