第1話　俺が大だ！コカトリモン襲来

第2話　燃えろ怒りのデジソウル 闇にひそむフライモン

第3話　帰ってきた天才トーマ！メラモンをぶっとばせ

第4話　新チーム初出動！ドリモゲモンを追え！
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第5話　デジタルワールド突入！ドリモゲモンの罠

第6話　大・アグモンコンビ解消!? 疾風ガルルモンの罠

第7話　トーマの休日 爆裂ボンバーナニモン

第8話　ヨシノ玉の輿ゲット!?クリサリモンの影

第9話　トーマ栄光なき戦い 暗躍トゲモン

第10話　マサル人生最悪の日 いたずらソウルモン

第11話　親子の絆を取り戻せ イビルモンの幻惑
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第12話　知香はボクが守る！ピヨモンの決意
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第13話　マサル新たなる力 進化！ライズグレイモン
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第14話　デジモン少年イクト 森の番人ジュレイモン
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第15話　母さんの想い出 吠えろマッハガオモン
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第16話　仲間はファルコモン!?モーレツ！ブロッサモン
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第17話　奇跡を呼ぶ歌声 ライラモン進化
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第18話　DATSチーム全滅！？激突メルクリモン
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第19話　標的はイクト!?ゴツモンの企み
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第20話　母親を救え、イクト ハグルモンの檻
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第21話　人間界大パニック デジモン軍団進撃
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第22話　倒せ究極体！怒涛サーベルレオモン
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第23話　再び、デジタルワールドへ インセキモン大暴れ
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第24話　明かされる過去 非情！魏ズモン：AT
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第25話　倉田の野望をくだけ 飛翔ヤタガラモン
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第26話　マサル記憶消去 失われた絆
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第27話　倉田を追え デジモン殲滅作戦始動！
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第28話　進化不可能！デジヴァイス崩壊
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第29話　よみがえるデジヴァイス 新たなる輝き
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第30話　とらわれの大 聖なる都の罠
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第31話　天才対決！ トーマvsナナミ
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第32話　猛攻倉田軍団　聖なる都を守れ
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第33話　最後の決戦！聖(コウキ)、究極進化
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第34話　決別の日 最強の敵・トーマ！
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第35話　破滅のパワー　シャイングレイモン暴走
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第36話　魔王ベルフェモン復活
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第37話　目覚めよアグモン ベルフェモンを倒せ！
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第38話　バーストモード 究極を超える力
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第39話　人間界消滅！イグドラシルの決断
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第40話　最強騎士団 ロイヤルナイツ集結！
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第41話　拳でたしかめろ！父さんの想い
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第42話　トーマ決意のバーストモード
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