「ただの人間には興味ありません。宇宙人、未来人、異世界人、超能力者がいれば私の所に来なさい」

入学式後の自己紹介でぶっ飛んだ発言をした涼宮ハルヒ。
成績も運動神経も容姿も優れているのに、傲岸不遜な態度と中学以来の奇人ぶりからクラスで浮きまくっている上、普通のクラスメイトをつまらないと拒絶し、ますます孤立していたのだが、たまたま前の席であったキョンが話しかけたことで、二人の間で会話が交わされるようになった。

ある日、校内に自分が楽しめるクラブが無いことを嘆いていたハルヒは、キョンの何気ない言葉から「入りたいクラブがなければ、自分で作ればいい」と思いつき、キョンを巻き込んでクラブ作りを開始する。
部員が長門有希一人で廃部寸前だった文芸部の部室を乗っ取ると、2年生の朝比奈みくるを「萌えキャラ」として拉致し、さらに5月に転校してきた古泉一樹を「謎の転校生」として加入させ、新クラブ「SOS団」を発足する。

しかし、長門有希・朝比奈みくる・古泉一樹の三人は、本物の宇宙人・未来人・超能力者であり、それぞれの属する組織から送り込まれてきたのであった。
その目的は、ハルヒが自覚無しに持つある能力――世界を思い通りに改変し、望んだとおりの出来事を発生させる能力――の観測。
キョンはハルヒに選ばれた人物であり、ハルヒにとっての「鍵」であると言うのだが、キョンにはにわかに信じることができない。

ところが次第にSOS団の周辺に異常な出来事が起こるようになり、キョンも三人の話を信じざるを得なくなってしまった。
ハルヒだけが気付かないまま、キョン達SOS団メンバーは異常事態の処理やハルヒの退屈しのぎのために奔走することになる。
（wikipediaより）