20XX年、地球、ケニア、トゥルカナ湖。発掘作業をしていたMr.マスダが遺跡に銀色のプレートをはめ込むと、湖中から建造物が現れ、空間に金色のプレート型をした物体が実体化した。

約4000年後。宇宙空間に漂う金色のプレートを巡洋艦ヴォークリンデが回収する。そして、その内部では、ヴェクター一局のメンバーたちにより、KOS-MOSの戦闘実験が仮想空間内（以後この仮想空間をゲーム中の用語に従ってエンセフェロンと呼ぶ）で行われていた。無謀な実験を行ったために崩壊するエンセフェロン内でシオンはネピリムと遭遇するが、その直後、アレンによってエンセフェロンから現実に引き戻される。シオンはブリッジに実験報告をするが、アンドリュー中佐より、いまだ実働実験に移れていないことに対する不満をぶつけられる。
（wikipediaより）